Les bibliothèques du réseau possèdent plusieurs fonds spécifiques.
CEREP
-
- Bibliophilie XIXe-XXIe siècle : ouvrages illustrés du début du XXe siècle provenant de la donation Marrey, complétés par les publications de l'imprimeur et graveur Jean-Gabriel Daragnès et des livres d'artistes ;
- Fonds iconographique Chartraire : documents iconographiques rassemblés par le premier conservateur du Trésor de la Cathédrale de Sens, nommé par l'État en 1908.
- Fonds Augusta Hure : documentation personnelle et professionnelle d'Augusta Hure, conservatrice du Musée de Sens de 1920 à 1953, première femme nommée à ce poste en France.
- Fonds Maurice Imbert : fonds musical (partitions, documentation professionnelle, critiques d’œuvres, ouvrages sur l'histoire de la musique...), correspondance professionnelle et familiale, ouvrages littéraires et illustrés, légués à la Société archéologique de Sens par Maurice Imbert (1883-1981) compositeur et critique musical du XXe siècle ;
- Fonds Maurice Roy : bibliothèque de travail de Maurice Roy (1856-1932), conseiller à la Cour de comptes et membre de l'Académie des inscriptions et des belles-lettres, ancien président de la Société archéologique de Sens et propriétaire du château du Chesnoy à Paron, près de Sens.